Восстановление пространственной структуры биологических макромолекул в жидком растворе
Уважаемые коллеги,
в 2024 году планируется сдача в эксплуатацию первой очереди измерительных станций Сибирского Кольцевого Источника Фотонов "СКИФ" в новосибирском наукограде Кольцово. https://srf-skif.ru/
Станции МУРР, специализированной для биологических объектов (молекулы, белки, ДНК, РНК, вирусы и т.д.) нет среди уже спроектированных станций. Сейчас в плане многофункциональный МУРР, , который не специализирован под биологические задачи. Строительство данной станции будет способствовать развитию структурной биологии на территории РФ. Конкретные задачи, которые можно решить с помощью данного метода обозначены ниже.
От нас с Вами зависит, будет ли построена станция малоуглового рентгеновского рассеяния (МУРР) для изучения структур биологических молекул размерами 3-300нм.
Создана рабочая группа, для разработки концепции станции и ее дальнейшего проектирования, в которую вошли ЦКП "СКИФ", Институт Катализа, Институт ядерной физики им. Г.И. Будкера СО РАН, ФИЦ Красноярский Научный Центр СО РАН, Новосибирский Государственный Университет, Красноярский Государственный Медицинский Университет, ГНУ ВБ "Вектор" Роспотребнадзора, Институт Химической Биологии и Фундаментальной Медицины СО РАН, Московский физико-технический институт.
Метод МУРР позволяет:
Определять структурные характеристики:
Максимальный размер
Радиус инерции
Объем молекулы
Молекулярная масса
Пространственная форма
Возможности метода:
Работа в нативных условиях в жидкости при любой температуре и составе раствора
Восстановление формы молекулы или комплекса
Валидация результатов молекулярного моделирования
Определение недостающих фрагментов
Уточнение структуры
Отслеживание конформационных переходов
Моделирование "твёрдыми телами"
Выявление олигомерных состояний
Выявление эффектов агрегации
Возможность изучения взаимодействия молекул:
Пространственное расположение биомолекул в комплексе
Определение сайтов связывания молекул
Определение особенностей взаимодействия молекул (влияние ионного состава, температуры, рН, и тд)
Поиск ингибиторов белков
Возможность использования интегрированного подхода при объединении с другими методами, такими, как: рентгеноструктурный анализ, ВЭЖХ, круговой дихроизм, ЯМР, FRET, методы молекулярного моделирования и другие.
Важно, что метод не требует использования больших количеств образца. Достаточные объёмы растворов 10-50 мкл с концентрациями 1-10 мг/мл. Измерения проводятся в ваших рабочих буферных растворах в микрокапиллярах.
Большая просьба всех неравнодушных, тех, кому может быть полезен метод, всех заинтересованных, в том числе и пока неуверенных в необходимости использования метода откликнуться.
Будем вместе формировать список задач, и заявку на проектирование!
Лаборатория молекулярной биофизики и нейтронных исследований, НИЦ Курчатовский Институт - ПИЯФ
Лаборатория цифровых управляемых лекарств и тераностики ФИЦ КНЦ СО РАН. д.б.н. Кичкайло Анна Сергеевна